2001年2月26日，上海同济企业管理中心、上海五角场高新技术联合发展有限公司、上海同济科技实业股份有限公司共同投资成立上海同济科技园企业管理有限公司，注册资金100万元。5月18日，同济科技园正式揭牌。
2001年5月28日，上海同济科技实业股份有限公司和上海五角场高新技术联合发展公司共同投资成立上海同济杨浦科技创业发展有限公司。
2003年6月18日，上海同济企业管理中心、上海同济科技实业股份有限公司及上海五角场高新技术联合发展公司共同投资成立上海同济科技园有限公司。
2003年10月，上海同济科技园有限公司通过以无形资产注入的方式，与有关单位合作，联合开发电子工业部第二十三研究所地块（科技园邯郸路基地），并成立了上海同文置业有限公司，承担项目建设开发。2007年1月上海同济科技园有限公司投资并通过增资扩股方式，将上海同文置业有限公司注册资本由原1000万元增至3000万元，占公司总股本83%，成为控股公司。
2003年12月，上海同济科技园有限公司通过与上海市科技创业中心合作，共同成立了上海同济科技园孵化器有限公司，主要负责入园小企业的培育和孵化。2004年4月28日，在同济科技大厦举行了上海同济科技园孵化器公司揭牌仪式。
2004年6月，上海同济杨浦科技创业发展有限公司更名为上海同济杨浦科技创业园有限公司。
2005年4月，上海同济杨浦科技创业园有限公司与三亚有关单位共同成立了三亚同济科技园有限公司，主要负责三亚市田独高新技术产业区的开发建设，项目规划开发建设用地约187亩。
2006年10月，根据公司发展战略调整，完成了上海同济杨浦科技创业园有限公司与上海同济科技园有限公司的重组合并工作，合并后公司更名为上海同济科技园有限公司，注册资本增加为1.72477725亿元。
2007年，同济科技园下属两家控股子公司上海同济科技园企业管理有限公司和上海同济科技园孵化器有限公司开始重组合并。2008年10月，重组合并完成后公司更名为上海同济科技园孵化器有限公司，注册资本为800万元。。
2009年7月，上海同济科技园有限公司完成出让持有的三亚同济科技园有限公司股权的工作。
2010年上海同济科技园有限公司参与投资成立了浙江同济产业园股份有限公司，负责同济科技园浙江慈溪基地的开发建设。
2010年11月，上海同济科技园有限公司与普陀区政府共同投资成立了上海同普科技创业有限公司，负责科技园沪西园区项目的前期建设和招商服务工作。根据规划该园区将建设成为一个自主技术创新基地、科技企业孵化基地、创新创业人才培养基地和官产学研结合示范基地，重点引进科技型、创新型高成长性企业。
2011年9月28日，上海同济科技园有限公司出资60%，常熟大学科技园出资40%共同成立了常熟同济科技园有限公司，注册资本8000万元。常熟同济科技园有限公司负责开发建设同济（常熟）科技园项目，占地面积15325平方米，建筑面积63000平方米。
2012年5月17日上午， “同济大学技术转移中心”正式挂牌成立。该中心由上海同济技术转移服务有限公司负责运营，该公司由上海同济科技园和上海同济资产经营有限公司联合出资设立，是同济大学国家大学科技园的重要组成部分，是一个面向园区、面向社会的开放性服务平台。
2012年6月15日公司总部搬迁至上海国际设计中心24楼，并于7月9日下午在上海国际设计中心2楼会议厅隆重举行乔迁庆典仪式。
2012年7月23日，同济大学技术转移中心，常熟市虞山镇人民政府及常熟市科技局正式签约，在常熟市虞山镇设立同济大学技术转移中心常熟分中心。
2013年底投资成立上海同一建筑设计有限公司，科技园30%股权。该公司负责宝山建筑设计产业园的开发和运营，该项目于2013年11月20号成功摘牌获得土地，11月27日签订土地出让合同，并在12月份完成了项目公司工商注册。
常熟科技园项目于2014年9月底竣工，为科技园增加63000多平方米的载体面积。工程质量和安全文明施工方面均取得了较好成绩，获得了“江苏省文明工地”的称号。
2014年5月注册成立南通同济科技园有限公司，注册资本金6000万元；7月获得土地使用权，计划2015年上半年正式开工建设。
南通科技园项目位于南通市崇川区，总用地面积约334亩，项目初步定为三期，其中先期启动的一期项目用地约97亩，规划建筑面积约10万平米。本项目为工业用地，计划以标准厂房项目立项，建设都市型工业园区，打造同济大学与南通市技术创新与产业发展的示范性合作基地。
宝山建筑设计产业园项目于2013年年底获取土地，2014年上半年开展各项报批报建手续的审批及施工前的准备工作，6月26日顺利举行开工仪式，下半年进入地下工程施工阶段，截止 2014年年底已经完成±0.00以下工程施工。
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