2001年3月13日，上海同济摩森工程管理咨询有限公司正式注册同济科技园，成为科技园成立后入住园区的第一家公司，该公司属于台港澳合资企业，注册资本金50万美元。
2003年，同济科技大厦在全面招商的同时，在科技楼四楼推出了商务服务中心，主要提供小型办公场所的租赁及行政商务服务。这一全新的经营服务是周边地区尚不多见的服务项目。
2005年，上海同济杨浦科技创业园有限公司完成国康基地内上海苏艺绣品厂3号楼的改造，并引进上海邮电设计院入驻该楼，协助邮电设计院将注册地及税务关系转移进杨浦区，同年12月25日完成3号楼的产权转让。2006年5月中旬，上海邮电设计院正式入驻，国康基地的专业园区特色渐露端倪。
2009年12月，上海同济科技园有限公司同济科技园国康基地内的公共服务平台——柔性设计馆正式落成，并向园内创业人士和中小企业开放。
2010年4月，上海同济科技园孵化器有限公司建立并通过了ISO9001:2008质量体系认证。
2010年7月，上海同济科技园有限公司正式开始环同济在线网站，旨在通过网络服务介绍环同济设计产业发展状况，采用多种形式宣传推广科技园区服务、平台，汇集各类信息，实现企业信息发布，对外展示和内部交流工作。
2010年，同济科技园在赤峰路基地设立创业苗圃服务平台，该平台拥有自动化办公设备和公共设施、配备创业辅导导师及专业管理人员，同年9月该平台获得了上海市科技创业孵化协会的认定。
2011年2月，同济科技园的“创业苗圃”正式获得上海市科技创业中心和上海市企业孵化协会的项目备案，这意味着我园区创业苗圃项目将得到上海市有关部门的大力支持，从而促进科技创业项目预孵化功能的完善和深化。
2012年4月，上海同济科技园有限公司被正式认定为上海市第二批科技企业加速器试点单位。加速器项目的建立，使得同济科技园在企业服务方面完成了创业苗圃、企业孵化、加速器、产业集群四个阶段的全方位的企业服务体系的建立和完善。
2012年9月7日，园区企业上海新眼光医疗器械股份有限公司在通过中国证券业协会备案确认后，在代办股份转让系统正式挂牌。
2013年，上海市高新技术企业的复审门槛大幅度提高，科技园认真准备，顺利通过了高新技术企业的复审。从而使公司企业所得税税率降低到15%
2013年4月上海同济科技园孵化器有限公司顺利通过ISO质量管理体系第三次监督评审
2013年，常熟科技园加速器项目获得国家发改委批准，被列入“2013年国家服务业发展引导资金计划”，该项目的获批可为常熟科技园获得450万元的政府扶持资金。
2014年4月，上海同济科技园孵化器有限公司顺利通过ISO质量管理体系第四次监督评审
2014年4月11日同济科技园沪西园区企业上海天佑铁道新技术研究所股份有限公司—天佑铁道（挂牌号:430673）在新三板正式挂牌！天佑铁道是普陀区第一家登上“新三板”的上市企业。
2014年6月24日，科技部、财政部公布2014年度中小企业发展专项资金科技创新、科技服务和引导基金项目立项的通知，上海同济科技园有限公司申报的“中小企业创意设计技术资源共享服务”项目位于名单之列，并获国家财政业务奖励173万元。
2014年8月， 同济科技园开通党建工作服务平台，将党建工作植入创业型企业孵化服务全过程之中，更好为园区企业服务，为园区党员、人才服务，把党建工作服务平台建设成为园区各级党组织活动、党员活动的平台
2014年8月12日，园区企业上海网波软件股份有限公司通过证监会审核批准在新三板挂牌上市（股票代码830917）。
科技园孵化器公司在2013年度科技部国家级科技企业孵化器考核中被评为A类国家科技企业孵化器；同时，自2010年以来连续5年获得上海市科技企业孵化器考评优秀单位。
本次考核是科技部首次对外公布考评结果，全国504家国家级科技企业孵化器被分为四个类别，A类仅73家，其中上海市共9家，杨浦区仅同济科技园和杨浦科技创业中心两家。目前我国共有科技企业孵化器1200多家，其中国家级504家。同济科技园成立于2001年，2003年被科技部、教育部认定为国家级大学科技园，2005年被认定为国家级科技企业孵化器。2012年，被科技部、教育部联合认定为A类（优秀）国家大学科技园。目前，园区共有注册企业1000余家，其中孵化企业86家，历年累计毕业企业79家，培育出36家高新技术企业，新三板和上海市股权交易系统挂牌企业6家。
同济科技园已经获得科技部A类国家大学科技园和A类国家级科技企业孵化器的双A荣誉，这也是大学科技园和科技企业孵化器在国内能够获得的最高级别的认可和肯定。目前全国范围内，获得A类国家大学科技园和A类国家级科技企业孵化器的仅5家园区。
孵化器公司和同普公司同时获得2013年度“上海市科技创新创业服务先进集体”，孵化器公司被评为上海市团委“2014年上海大学生创业示范园区”
2014年，杨浦主园区企业上海网波软件股份有限公司成功在新三板挂牌上市（股票代码830917）；沪西园区企业上海天佑铁道新技术研究所股份有限公司（股票代码430673）在新三板正式挂牌，成为普陀区第一家新三板挂牌企业；9月份，沪西园区企业上海顶信医疗设备股份有限公司（顶信医疗：100266 ）进入上海股权托管交易中心系统挂牌。截止目前，同济科技园共计4家企业新三板上市，2家企业在股权托管中心挂牌。
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